주요 쟁점은 외교통상부 산하 통상교섭본부의 폐지 및 통상교섭 기능의 이전, `공룡 부처`라는 지적을 받는 미래창조과학부의 기능·업무 조정, `안전행정부` 및 `농림축산부`로의 명칭 변경 등이다. 특히 통상교섭 기능을 산업통상자원부로 이전하는 `산업형 통상조직` 부활을 두고 진통이 예상된다.
이에 대해 대통령 당선인은 확고한 추진 의사를 밝혔으나, 민주당은 물론 새누리당에서조차 비판적 목소리가 나오고 있어 상황이 유동적이라는 분석도 나오고 있다. 미래창조과학부의 정보통신기술(ICT) 업무 분리 및 원자력안전위원회의 독립 여부도 논란거리다. 기능의 변화 없이 이름만 바꿔 세금을 쓰는 문제도 정리가 필요한 사안이다.
여야가 합의한 정부조직법 개정안의 처리 시한은 14일이니 이제 열흘 남짓 남았다. 주요 쟁점에 대한 여야 간 이견이 큰 점을 감안하면 남은 기간이 그리 길지 않다. 박근혜 정부의 출범 일정은 김용준 전 국무총리 지명자의 낙마로 인해 전반적으로 꼬여 있는 상황이다. 대통령 취임일을 3주 앞둔 지금까지 박 당선인은 총리는 물론이고 장관 후보자를 단 한 명도 지명하지 못하고 있다. 이런 상황에서 만약 여야 간 대립으로 정부조직법 개정안마저 시한 내에 처리가 되지 않아 새 정부 출범이 파행을 겪는 일이 있어서는 안 된다.
무엇보다 야당인 민주당의 현명한 대처가 요청된다. 정부조직 개편안의 문제점은 철저히 따지되, 끝내 여야 간 절충에 이르지 못한다면 당선인의 뜻을 존중할 필요가 있다. 어차피 새 정부는 유권자에게서 대통령으로 선택을 받은 박근혜 대통령 당선인이 책임지고 이끌어갈 정부이기 때문이다. 민주당이 자칫 도를 넘어 새 정부의 발목을 잡는 듯한 인상을 주는 것은 피해야 한다. 박 당선인과 새누리당도 열린 자세로 임해야 한다. 야당인 민주당의 의견을 진지하게 듣고, 반영할 것은 반영하는 대통합의 모습을 보여주기를 바란다.