국회는 이처럼 독도사랑이 각별한데, 행정부는 그렇지 못한 것같다. 국회가 배정한 독도관련 예산을 기획재정부는 집행을 무기한 보류하고 있다. 울릉도·독도 해양연구기지 운영비가 없어 개관이 어렵다 하자 국회는 2012년 기지 운영을 대행할 한국해양과학기술원에 운영비 10억원을 통과시켰다. 그러나 기획재정부는 “당초 연구기지는 당시 해양수산부가 건물을 짓고, 경북도와 울릉군이 운영하기로 했다”며 배정된 예산을 붙잡아두면서 다른 지자체의 유사한 시설물과의 형평성에도 맞지 않는다는 이유도 내세웠다.
2005년 3월 일본이 매년 2월22일을 다케시마의 날로 정하자 영토주권 수호 차원에서 제일 먼저 이 해양연구기지 사업이 시작됐다. 따라서 이 연구기지는 여타 다른 연구소와는 성격이 전혀 다른 것이다.
만에 하나 독도 영유권문제를 국제사법재판소가 심의를 하게 될 경우가 있다 해도 `연구성과 및 자료`는 중요한 검토 대상이 될 뿐 아니라 독도의 실효적 지배에도 도움이 된다. 일본이 초등학교 교과서에까지 “독도는 일본땅”이라고 적어놓는 상황에서 `독도연구`와 실효적 지배는 절체절명의 사명인데, 어찌 다른 일반 연구기관과 동일하게 취급하는가. 이는 기획재정부가 독도영유권에 대해 얼마나 무관심한 지를 말해주는 일이다.
울릉군은 재정자립도가 10%에 불과하다. 그런데 이 해양연구기지 운영비는 매년 20억원씩 들어간다. 경북도가 7억원, 울릉군이 3억원씩을 내어 최근 가동하기는 했지만, 지속성에 대해서는 여전히 의문이다. `영토주권`에 관한 예산은 중앙정부가 맡아주어야 할 일이 아닌가. 특히 국회 본회의까지 통과한 예산을 행정부가 집행거부를 한다는 것은 3권분립의 원칙에도 어긋나는 `위헌적 행태`가 아닌가.
2005년 3월24일 독도가 개방된 후 지난해까지 9년간 독도에 간 탐방객 중 21.7%가 독도 선착장을 디뎌보지도 못하고 배에 탄 채 바라만 보다가 돌아왔다고 한다. 파도를 막아줄 방파제 등 항만시설이 갖춰져야 선박이 제대로 배를 댈 것인데, 독도에는 그것이 없으니, 파도가 조금만 일어도 접안을 할 수 없다. 경북도와 울릉군은 2천t급 선박이 접안할 수 있도록 방파제 설계를 해놓고 있지만 문화재청이 “천연기념물이라 형상변경을 해줄 수 없다”고 해서 예산이 막혀버렸다. 또 문화재청은 `입도 지원센터` 건축비에도 몽니를 부리고 있다. 이런 일들은 대통령이 결단을 내릴 수 밖에 없다.